千百年来，松果体被认为是具有超感知觉的器官，是进入另外空间的窗口，现在科学家试图更多地了解“第三只眼”的神秘功能。
退化的眼睛？
曾有解剖学教授说起一件神秘的事实，在结缔组织间隙中有个秘密，它虽然很小却功能强大，能够控制重要的代谢过程。这就是松果体，它不仅同肉眼一样具有感知光线的功能，其实际结构也像一个眼睛原型一样，所以被称为人类的“第三只眼”。
松果体负责很多重要的身体功能，诸如抑制性发育、控制代谢和产生褪黑激素。虽然科学家们发现了松果体的一些功能，可以对这个器官的职能进行简单的解释，但对它的整体结构仍不了解。现代医学发现，深藏脑中央的松果体具有光受体，学界普遍的看法是，它与早期的原始技能有关。
按照对松果体的生物演化学解释，这个器官是神经纤维组成的无序系统，位于颅骨表面上。它专门用于检测光线的变化，使人受到攻击时能够逃跑。根据这一认识，松果体与眼睛的功能相似。奇怪的区别是，它位于颅骨内。
美国国家儿童健康和人类发展研究所（NICHD）的神经内分泌学主任大卫•克莱恩（David Klein）提出的假说认为，原始视网膜具有两种功能，成像和产生褪黑激素。在他看来，松果体后来专门从事这些功能，而哺乳动物的视网膜则退化了，不再产生褪黑激素，至于为什么则不知道。
虽然如今松果体还是被理解为激素分泌器官，可以肯定的是它具有重要的感光能力，科学已经证实了这一机能。
让人不解的是，即使病人已经失去了双眼，松果体这个器官对刺激会像眼睛一样做出反应。这一事实使得一些研究者质疑松果体是否并不是一只退化的眼睛。大脑中许多仍然不被人理解的反应是否都与这个神秘器官有着诸多联系？